El terreno en el cual se encuentra la Institución Educativa Nacional (Sede Bachillerato) fue cedido por la Alcaldía Municipal al Ministerio de  Educación Nacional  al extinto Instituto Colombiano ICCE seccional Huila,  mediante acuerdo N. 001 del mes de marzo de  1976; dicho lote con una extensión de treinta mil quinientos cuarenta metros cuadrados (30.540).

Por intermedio del ICCE se construyó el primer pabellón con  ocho (8) aulas, dos (2) laboratorios, una (1) unidad sanitaria y espacio para las oficinas (Rectoría, Secretaría, Pagaduría) los salones fueron dotados con 150 pupitres nuevos. La edificación carecía de servicio eléctrico que gracias a la Escuela Normal se solucionó e incluso se disfrutó de energía gratuita por un tiempo.

El Gobernador del Huila Señor HECTOR POLANÍA SANCHEZ, solicitó al Ministerio de Educación Nacional el nombramiento del Rector y cuerpo docente, solicitud que fue atendida de inmediato, designando al Licenciado Gil Salas Sánchez, quien fue trasladado de la Rectoría del Colegio Nacional Santa Librada de Neiva.  El día 20 de enero de 1973 llegó a Pitalito el nuevo Rector y recibió del Alcalde las nuevas instalaciones; el colegio inicio con 295 alumnos, unos trasladados del Colegio Departamental y otros aspirantes sin matricular.  Se formaron ocho grupos: cinco para primero de bachillerato y tres para segundo. Curiosamente algunos estudiantes eran adultos, casados y con hijos.

Con la autorización del Ministerio de Educación Nacional, el Rector Salas nombro los primeros 12 docentes, quienes asumieron sin haberles definido su remuneración, seis fueron trasladados del Colegio Departamental y los otros seis llegaron de diferentes regiones.

Las clases se iniciaron el 15 de febrero de 1973 con los ocho grupos.  En abril de 1974 el colegio es inaugurado oficialmente con la presencia del primer mandatario Nacional, el Huilense doctor MISAEL PASTRANA BORRERO, el Ministro de Educación Nacional doctor   JUAN JACOBO MUÑOZ, el Gobernador del Departamento HECTOR POLANÍA SANCHEZ entre otras altas personalidades.  Al año siguiente el ICCE construyó el segundo bloque de salones y el Aula Múltiple.

En 1975 se abrieron las dos jornadas (Mañana y tarde). 

En 1977 se graduaron los primeros 35 Bachilleres comenzando así una etapa de prestigio y liderazgo en la región.

Por medio de la Resolución   N. 23789 del 11 de diciembre de 1979, se aprobaron sus estudios de Bachillerato Clásico hasta nueva visita.

En el año de 1979 llega a la Rectoría de la Institución el Licenciado ISMAEL EFREN BENAVIDES REYES en reemplazo del Licenciado GIL SALAS SANCHEZ.

En 1985 se completaron los dos ciclos de estudio y se graduaron los primeros bachilleres de la jornada de la tarde. En los años siguientes la institución siguió modernizándose y creciendo en la parte física, en diferentes áreas del conocimiento, la tecnología y   ampliando cobertura, además  destacándose a nivel local y departamental por su sobresaliente rendimiento académico y  participación en eventos deportivos.

En el año 2000 asumió la rectoría del colegio la Licenciada NATHALIA CASTRO DE TORRES; en cuya administración se realizó la aprobación de estudios mediante Resolución 001341 del 04 de septiembre del año 2000.  En el año 2002 mediante Decreto 1626 de 2002 se convierte el colegio Nacional en Institución Educativa  Municipal  Nacional con la incorporación de las Sedes: Américas, San Antonio, Nelson Carvajal, Víctor Manuel Meneses y la Rurales Aguadas y la Paz.

El 31 de marzo del año 2004 es designado el Licenciado HELÍ MARTINEZ CASTRO como rector. La Institución Educativa Nacional  en su trayectoria se ha caracterizado por formar ciudadanos integrales, impulsándolos para que se enfrenten a una sociedad, con  valores y dispuestos a lograr el éxito; es así como a lo largo de su existencia ha sobresalido en su rendimiento académico ocupando destacados lugares a nivel local, departamental y nacional  en Pruebas ICFES, alcanzando distinciones como  la medalla Andrés Bello; también ha tenido destacadas participaciones en el plano deportivo a nivel Nacional, departamental y local en Fútbol,  Baloncesto, atletismo y Ciclismo; es así que la Institución se encuentra consolidada como una de las mejores del Sur del Huila.

Durante la administración del Rector Heli Martínez Castro se logró la consecución de la Escritura Pública No. 1290 de 11 de agosto del 2005, de la Institución Educativa Nacional de Pitalito, al igual que la construcción de la segunda Aula Digital a nivel nacional, donde se ofrece capacitación en el área de Tecnología e Informática, a docentes, estudiantes, padres de familia y comunidad en general como apoyo a las nuevos procesos de formación del programa Huila Unido, que lucha por dar herramientas a los huilenses como preparación para el trabajo.

En el año 2008 asumió la rectoría el Especialista Hugo Romero Barreto, quien con  su espíritu de liderazgo en compañía de la planta docente quien a esa fecha contaba  con 120 docentes continuaron cosechando logros en el ámbito académico, alcanzando el nivel MUY SUPERIOR en las pruebas  SABER ONCE; Reconocimientos en las pruebas Supérate con el Saber y Supérate con el Deporte. Además se gestionó y ejecutó  la ampliación de la planta física y mejoramiento de la misma.

En el año 2014 asume la rectoría la Especialista ­­­­­­Yineth Urbano Gaviria, quien continua actualmente administrando la Institución. Durante este periodo la Señora Rectora junto con la comunidad educativa, implementa la estrategia pedagógica con aulas especializadas, donde los estudiantes tienen la oportunidad de hacer uso del movimiento físico y así potencializar las condiciones neurolingüísticas y emplear medios tecnológicos como herramientas para la investigación y el desarrollo del conocimiento significativo y humanístico.

Dentro del marco de la política Educativa, la I.E.M Nacional, contribuye año a año con el mejoramiento de la calidad, demostrado en las pruebas Saber Once Alcanzando el Nivel A más, categorizándola como una INSTITUCION DE ALTA CALIDAD a nivel nacional y haciendo uso del PROGRAMA SER PILO PAGA,  logró ubicar 32 estudiantes en el programa  en el año 2015 y 46 en el 2016, quienes tienen la oportunidad de adelantar estudios superiores en diferentes universidades del país y también en el exterior; posicionando la institución a nivel nacional en el séptimo  lugar,  con mayor número de estudiantes en este programa.